Ταυτοποίηση φυτοενώσεων από το Houttuynia cordataThunb. ως πιθανοί αναστολείς για τις πρωτεΐνες αντιγραφής του SARS-CoV-2 μέσω χαρακτηρισμού GC-MS/LC-MS, μοριακής πρόσδεσης και προσομοίωσης μοριακής δυναμικής

Η πανδημία COVID-19 που προκαλείται από τον κορονοϊό του Σοβαρού Οξέος Αναπνευστικού Συνδρόμου 2 (SARS-CoV-2) είναι μια μαζική ιική
ξέσπασμα ασθένειας με διεθνή ενδιαφέροντα. Η παρούσα μελέτη αποσκοπεί κυρίως στον εντοπισμό των βιοδραστικών φυτοενώσεων
από το παραδοσιακό αντιικό βότανο Houttuynia cordata Thunb. ως πιθανοί αναστολείς των τριών κύριων πρωτεϊνών αντιγραφής του SARSCoV-
2, δηλαδή την κύρια πρωτεάση (Mpro), την πρωτεάση τύπου παπαΐνης (PLpro) και τη φωσφατάση ADP ριβόζης (ADRP), οι οποίες ελέγχουν
τη διαδικασία αντιγραφής. Συνολικά 177 φυτοενώσεις χαρακτηρίστηκαν από το H. cordata χρησιμοποιώντας GC-MS/LC-MS και
συνδέθηκαν με τρεις πρωτεΐνες (υποδοχείς) SARS-CoV-2, δηλαδή τις Mpro, PLpro και ADRP, χρησιμοποιώντας τα Epic, LigPrep και
Ενότητα Glide της σουίτας Schrödinger 2020-3. Κατά τη διάρκεια των μελετών πρόσδεσης, οι φυτοενώσεις (ligand) 6-Hydroxyondansetron (A104)
έχουν επιδείξει ισχυρή συγγένεια πρόσδεσης προς τους υποδοχείς Mpro (PDB ID 6LU7) και PLpro (PDB ID 7JRN) με G-score
από – 7,274 και – 5,672, αντίστοιχα, ενώ η κερκιτρίνη (A166) έδειξε επίσης ισχυρή συγγένεια πρόσδεσης προς την ADRP (PDB ID
6W02) με G-score -6,788. Προσομοίωση Μοριακής Δυναμικής (MDS) με τη χρήση της ενότητας Desmond της σουίτας Schrödinger
Το 2020-3 έχει επιδείξει καλύτερη σταθερότητα στα σύμπλοκα συνδέτη-υποδοχέα A104-6LU7 και A166-6W02 εντός 100 ns από ό,τι το
το σύμπλεγμα A104-7JRN. Η μελέτη ADME-Tox πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του SwissADMEserver για τη φαρμακοκινητική των επιλεγμένων
φυτοενώσεις 6-υδροξυονδανσετρόνη (Α104) και κερκιτρίνη (Α166) έδειξαν ότι η 6-υδροξυονδανσετρόνη περνάει
όλους τους απαιτούμενους κανόνες ανακάλυψης φαρμάκων που μπορούν δυνητικά να αναστέλλουν το Mpro και το PLpro του SARS-CoV-2 χωρίς να προκαλούν τοξικότητα
ενώ η κερκιτρίνη έδειξε λιγότερο φαρμακευτικές ιδιότητες, αλλά επίσης αποδείχθηκε ως πιθανός αναστολέας για την ADRP. Παρόν
τα ευρήματα παρέχουν ευκαιρίες για την ανάπτυξη της 6-υδροξυονδανσετρόνης και της κερκιτρίνης ως νέου θεραπευτικού φαρμάκου κατά της
COVID-19